Le Banon était déjà connu à l'époque romaine. Une anecdote rapporte que l'empereur romain Antonin le Pieux mourut d'indigestion en 161 pour en avoir trop mangé. Il était aussi apprécié sur les tables au Moyen Âge et, au XIXe siècle, les écrivains Jules Verne et Frédéric Mistral aimaient beaucoup sa saveur.
Ce fromage de chèvre est né de la nécessité pour les familles de Haute-Provence de consommer des protéines en hiver. Pour ce faire les bergers pliaient leurs tomes dans des feuilles de châtaigniers. Cette pratique maintenait le fromage moelleux et parfaitement consommable en hiver, période de tarissement des chèvres. De plus, pour obtenir un fromage doux et moelleux sous un climat sec et chaud, seule était possible la technique du caillé doux (fromage à coagulation rapide ou caillé présure), spécifique du Banon.
Le 23 juillet 2003, l'INAO a donné son accord pour protéger le Banon par une AOC. C'est le premier fromage de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur à obtenir une AOC.