Les vaches de races Montbéliarde et Simmental française sont les seules autorisées pour la production du lait à Comté. Le lait du Comté est produit dans 2 700 exploitations familiales qui pratiquent une agriculture extensive, c'est à dire une agriculture qui ne vise pas les rendements les plus élevés mais qui cherche au contraire une production de qualité, tenant compte des particularités des sols et préservant la diversité floristique. La production annuelle moyenne de chaque exploitation s'élève à environ 270 000 litres de lait.
400 litres de lait sont nécessaires pour fabriquer une meule de 40 kg. Une Montbéliarde produisant environ 20 litres en 2 traites, il faut donc le lait de 20 vaches pour obtenir une meule de Comté, et également 20 hectares de prairie minimum, car chaque vache bénéficie d'1 hectare de prairie minimum.
La méthode de fabrication du Comté n'a pas changé depuis des siècles. Son but est d'obtenir un fromage de grande taille, à pâte pressée et cuite (donc peu humide) afin qu'il se conserve longtemps, tout en préservant la flore naturelle du lait cru, source de richesse gustative.
Pour prendre son goût, le Comté prend tout son temps. Sa maturation en cave d'affinage est au minimum de 4 mois, mais elle est souvent supérieure, de 8 mois en moyenne, à beaucoup plus.
Chaque Comté qui sort de cave est entouré d'une « bande de marquage » verte ou brune qui traduit sa qualité. Elle est apposée par l'affineur qui note chaque meule en s'appuyant sur différents critères parmi lesquels le goût est le plus important. Les fromages notés de 14 à 20/20 reçoivent une bande verte «Comté clochette» et ceux notés de 12 à 14, une bande brune «Comté». Les fromages dont la note est inférieure à 12 n'ont pas droit à l'appellation. Les sachets de Comté préemballé sont également identifiables grâce à la clochette verte.
La notation des Comté qualifie le goût mais aussi l'aspect physique de la meule. Ainsi, une bande brune peut sanctionner un léger défaut d'aspect sur un fromage par ailleurs excellent. « Vert » ou « brun », tous les deux sont d'authentiques Comté dont l'âge minimum est de 4 mois. La couleur de la bande n'a aucun rapport avec l'âge du fromage ni avec une typologie de goût.